水樣分別被注入高溫燃燒管（900℃）和低溫反應(yīng)管（150℃）中。經(jīng)高溫燃燒管的水樣受高溫催化氧化，使有機(jī)化合物和無機(jī)碳酸鹽均轉(zhuǎn)化成為二氧化碳。經(jīng)反應(yīng)管的水樣受酸化而使無機(jī)碳酸鹽分解成為二氧化碳，其所生成的二氧化碳依次導(dǎo)入非分散紅外檢測器，從而分別測得水中的總碳（TC）和無機(jī)碳（IC）。總碳與無機(jī)碳之差值，即為總有機(jī)碳（TOC）。　將水樣酸化后曝氣，使各種碳酸鹽分解生成二氧化碳而驅(qū)除后，再注入高溫燃燒管中，可直接測定總有機(jī)碳。但由于在曝氣過程中會造成水樣中揮發(fā)性有機(jī)物的損失而產(chǎn)生測定誤差，因此其測總有機(jī)碳分析儀定結(jié)果只是不可吹出的有機(jī)碳值。使用紫外燈將水中有機(jī)物轉(zhuǎn)化為二氧化碳，二氧化碳溶解在水中形成碳酸根離子．有機(jī)物轉(zhuǎn)化前后都測量電導(dǎo)率，通過電導(dǎo)率的差值可算出增加的碳酸根含量，就可以算出水中的ＴＯＣ了．

進(jìn)樣時(shí)，宜先作TC測定，后作IC測定。樣品必須搖勻。

進(jìn)行微量分析時(shí)，搖動樣品會使空氣中CO2溶解進(jìn)去，故應(yīng)小心，記錄曲線的拖尾現(xiàn)象，就是由此所致。在處理數(shù)據(jù)時(shí)，要減去TC、IC的空白值。

進(jìn)樣量的多少，按儀器規(guī)定執(zhí)行。一般進(jìn)樣量越大，曲線的峰越高，但過高的進(jìn)樣量會導(dǎo)致燃燒效率低下。同時(shí)，樣品中如有懸浮物質(zhì)，一定要濾去。

分析含鹽過多的樣品時(shí)，應(yīng)加脫鹽裝置，這時(shí)，可適當(dāng)降低高溫爐溫度，如調(diào)溫至700左右。